Od kilkunastu lat Instytut Matematyki organizuje coroczne warsztaty matematyczne dla stypendystów Krajowego Funduszu na rzecz Dzieci. W trakcie trzydniowych zajęć prowadzonych przez pracowników naukowych Instytutu około trzydzieścioro wybitnie uzdolnionych matematycznie uczniów szkół średnich z całej Polski bierze udział w intensywnych zajęciach organizowanych na wzór wykładów i ćwiczeń na studiach. Tematem warsztatów jest każdorazowo pewna wybrana gałąź matematyki współczesnej (np. topologia, rachunek prawdopodobieńswa lub teoria grafów). Spotkanie poprzedza rozesłanie materiałów do samodzielnej lektury, a zajęcia prowadzone są w dwóch grupach: mniej i bardziej zaawansowanej.

Rekrutacji na warsztaty dokonuje Fundusz spośród swoich podopiecznych.